Przed 85 laty wybuchła II wojna światowa. O świcie 1 września 1939 r. Niemcy zaatakowali Polskę. Wiadomość o wybuchu wojny najpierw dotarła do suwalskich oddziałów wojskowych, których w naszym mieście nie brakowało, bo Suwałki stały się jednym z większych garnizonów międzywojennej Polski. 2 września Suwalczanie bezpośrednio odczuli skutki niemieckich ataków. W godzinach popołudniowych, podczas załadunku na wagony żołnierzy 41 Pułku Piechoty, zbombardowany został suwalski dworzec kolejowy oraz koszary. Byli pierwsi zabici i ranni wśród żołnierzy oraz cywilów. Tak relacjonował to ppor. Cz. Liszewski: „ Do garnizonowego punktu sanitarnego pokryte zielenią fury wiozą rannych i zabitych. Są to ofiary dzisiejszego nalotu. Ludność ciekawa, biegnie za wozami, a nuż zobaczy twarze swoich bliskich czy przyjaciół. W oczach wyraz grozy, współczucia i ciekawości.” (za „Przegrany wrzesień 1939 roku” Krzysztof Skłodowski w „Księga jubileuszowa 300-lecia Suwałk).
Sowiety wkraczają do Suwałk
W czasie kampanii wrześniowej Niemcy nie podejmowali większych działań ofensywnych na Suwalszczyźnie i w Suwałkach. Nocą z czwartego na piątego września miasto i Suwalszczyznę opuściły oddziały Suwalskiej Brygady Kawalerii. 17 września z Suwałk wycofali się też żołnierze 24. Batalionu KOP „Sejny”. W tym czasie w Suwałkach nie było już żadnych oddziałów wojska. Miasto opuścił tez prezydent Suwałk Walerian Łopatto, który poprzez Litwę w listopadzie 1939 r. dotarł do Paryża. W opuszczonych przez wojsko i władze Suwałkach ochronę obiektów publicznych i bezpieczeństwa mieszkańców objęła służba porządkowa zorganizowana przez suwalskiego adwokata i społecznika Czesława Bonawenturę Lutostańskiego. 24 września rano do Suwałk wkroczyły oddziały sowieckie dowodzone przez dowódcę korpusu Iwana Bołdina. Po krótkim postoju Suwałki opuścił 27 września oddział majora Bogdanowa. Do miasta napłynęły sowieckie oddziały drugiego rzutu.
Niemcy wkraczają do Suwałk
Na mocy układu radziecko – niemieckiego z 28.09.1939 Suwalszczyzna znalazła się w strefie wpływu III Rzeszy. Oddziały sowieckie pozostały w Suwałkach do pierwszej dekady października 1939 r. Oddziały niemieckie najprawdopodobniej wkroczyły do Suwałk 6 października, a 12 października Niemcy oficjalnie przejęli Suwałki. Jak podaje K. Skłodowski w „Suwałki miasto nad Czarną Hańczą” według relacji Władyslawa Skindziera, ceremonia ta odbyła się przy udziale generalicji obu stron na placu u stóp kościoła św. Aleksandra. Na podstawie rozporządzenia Hitlera z 8 października 1939 r. wcieloną do Prus Wschodnich Suwalszczyznę nazwano Kreis Sudauen, a Suwałki – Sudauen. Suwalszczyznę wcielono do Rzeszy Niemieckiej do wschodniopruskiej rejencji Gumbinnen.